č. 3977/2020 Sb. NSS, Daň z příjmů: odpočet od základu daně; podpora výzkumu a vývoje

Žalobkyně podala dne 2. 5. 2012 řádné daňové přiznání k dani z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 11. 2010 do 31. 10. 2011, v němž uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje ve výši 2.790.568 Kč. Dne 30. 4. 2013 podala řádné daňové přiznání k dani z příjmů právnických osob za následující zdaňovací období (od 1. 11. 2011 do 30. 10. 2012), v němž uplatnila odpočet na podporu výzkumu a vývoje ve výši 2.486.223 Kč.

Správce daně (Finanční úřad pro Jihočeský kraj) zahájil dne 2. 2. 2015 daňovou kontrolu na daň z příjmů právnických osob za zdaňovací období od 1. 11. 2010 do 31. 10. 2011, dne 15. 6. 2015 zahájil daňovou kontrolu na téže dani za zdaňovací období od 1. 11. 2011 do 31. 10. 2012.

Dne 10. 9. 2015 vydal správce daně výzvu k prokázání skutečností podle § 92 odst. 4 zákona č. 280/2009 Sb., daňový řád, jejímž předmětem bylo sdělení pochybností správce daně, k nimž dospěl po přezkoumání účetních dokladů a dalších písemností předložených žalobcem, jež se týkaly výdajů vynaložených na výzkum a vývoj (dále též „VaV“) dle § 34 odst. 4 a 5 zákona o daních z příjmů. Správce daně požadoval doložit, zda specifikované výdaje byly vynaloženy při realizaci projektu výzkumu a vývoje, zda v rámci projektů výzkumu a vývoje byl přítomen ocenitelný prvek novosti a vyjasněna výzkumná nebo technická nejistota a vykázané osobní a provozní náklady byly skutečně vynaloženy v přímé souvislosti s realizací projektu výzkumu a vývoje. Současně správce daně požadoval prokázat, jakým konkrétním způsobem byly projekty výzkumu a vývoje realizovány, jak byly řešeny cíle projektu výzkumu a vývoje.

Osobní náklady dle žalobcem předloženého vyúčtování byly stanoveny podílem z celkových mezd jednotlivých účastníků projektu (zvýšené o sociální a zdravotní pojištění), a tento podíl byl stanoven jako poměr…